請求書ごとに内税、外税の設定はできますか。

できます。④品目明細の右にある歯車マーク「課税設定」から消費税（税別表示・税込表示・免税表示）、消費税端数処理（切り捨て、切り上げ、四捨五入）、源泉徴収（なし、10.21%、10%）が選択できます。